Secondo il D. Lgs 42/2004 Codice dei beni culturali e del paesaggio, art. 29, comma 1:
La conservazione del patrimonio culturale è assicurata mediante una coerente, coordinata e programmata attività di studio, prevenzione, manutenzione e restauro.
Presso l'Archivio di Stato di Arezzo è stato attivo per molti anni un laboratorio di restauro adibito alla sistemazione del materiale interno. Con il pensionamento dell'ultimo addetto e con l'obsolescenza di alcuni macchinari, il laboratorio viene utilizzato dal personale solo per operazioni di ordinaria manutenzione della documentazione archivistica.
Nel giugno 2021, è stato iniziato un lavoro di spolveratura dei fondi, che ha preso il via con la spolveratura della prima stanza dove è conservata la documentazione dell'Ospedale di Santa Maria sopra i Ponti, ad opera della ditta SIma-tec. Nel triennio 2022-2024, l'Istituto prevede di proseguire con questa spolveratura anche per altra documentazione, in particolare per quella collocata nei depositi a piano terra, anche al fine di mantenere attiva la sorveglianza verso possibili infiltrazioni di umidità di risalita che danneggerebbero le unità documentarie.
Nel 2024, grazie ad un finanziamento a valere su fondi Lavori Pubblici 2024-2026, l'Istituto ha inoltre avviato il restauro del fondo Diplomatico. Le pergamene in precario stato di conservazione verranno restaurate, mentre altre verranno rafforzate e dotate di custodia singola. Inoltre verrà restaurato il primo registro del fondo Monte pio di Arezzo.
